Op 17 juli 2026 maakte de provincie Noord-Brabant bekend dat zij de natuurvergunningen van vijf veehouderijen wil intrekken. Deze bedrijven veroorzaken te veel stikstofuitstoot nabij kwetsbare Natura 2000-gebieden. Aanleiding is een uitspraak van de rechtbank Oost-Brabant. De rechtbank oordeelde dat de provincie onvoldoende heeft onderbouwd dat andere maatregelen op tijd zorgen voor de noodzakelijke afname van de stikstofdepositie op deze natuurgebieden.

Deze Brabantse zaak staat niet op zichzelf. Zij maakt deel uit van een bredere landelijke ontwikkeling. Milieuorganisatie MOB heeft inmiddels in tien provincies verzocht om natuurvergunningen van agrarische bedrijven in te trekken. Daardoor lopen landelijk meer dan 130 agrarische bedrijven het risico hun natuurvergunning te verliezen.[1] Deze ontwikkelingen laten zien dat een eenmaal verleende natuurvergunning niet zonder meer onaantastbaar is.

Door deze berichtgeving in de media kan het beeld ontstaan dat op initiatief van de provincie de natuurvergunningen mogelijk worden ingetrokken en de provincie hierin vergaande beoordelingsruimte heeft. In werkelijkheid ligt dit genuanceerder, niet alleen in het geval van de provincie Noord-Brabant, maar ook in het algemeen. Provincies kunnen genoodzaakt zijn gevolg te geven aan handhavingsverzoeken. Ook moeten provincies, zoals de provincie Noord-Brabant, gevolg geven aan rechterlijke uitspraken. In dit blog staat daarom de (gebonden) beslissing tot het intrekken of wijzigen van natuurvergunningen centraal.

Verplichte wijziging of intrekking 
Voor 1 januari 2024 was de bevoegdheid om natuurvergunningen te wijzigen geregeld in artikel 5.4 van de Wet natuurbescherming (Wnb). Per 1 januari 2024 is de Wnb opgegaan in de Omgevingswet en is de bevoegdheid tot het intrekken van een omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit verplaatst naar artikel 5.40 van de Omgevingswet in combinatie met artikel 8.103, eerste lid, van het Besluit kwaliteit leefomgeving (Bkl). 

Toch is het oude recht nog niet uit beeld verdwenen. Voor verzoeken om wijziging of intrekking die vóór 1 januari 2024 zijn ingediend, blijft de Wnb namelijk van toepassing totdat het daarop genomen besluit onherroepelijk is (bij openstaand beroep) of van kracht is geworden (bij geen beroep).[2] Daarnaast blijft het onder de Wnb ontwikkelde juridische kader naar verwachting onder de Omgevingswet ook relevant. De tekst van artikel 8.103, eerste lid, Bkl en artikel 5.4, tweede lid, Wnb zijn namelijk van gelijke strekking. Om die reden behoudt de rechtspraak over de toepassing van artikel 5.4 Wnb ook onder het nieuwe wettelijk stelsel haar betekenis. Dit maakt dat artikel 5.4 Wnb vandaag de dag nog een belangrijke rol vervult in de praktijk.

Artikel 5.4 Wnb bevat de bevoegdheid om een natuurvergunning te wijzigen of in te trekken. Die bevoegdheid is echter niet in alle gevallen vrijblijvend. Op grond van artikel 5.4, tweede lid, Wnb moet een natuurvergunning in elk geval worden gewijzigd of ingetrokken wanneer dat noodzakelijk is om te voldoen aan artikel 6, tweede lid, van de Habitatrichtlijn (Hrl). Daarmee vormt deze bepaling uit de Hrl het inhoudelijke aanknopingspunt voor de verplichte wijziging of intrekking van natuurvergunningen.

Artikel 6, tweede lid, Hrl verplicht lidstaten om passende maatregelen te treffen om verslechtering van natuurlijke habitats en verstoring van soorten in Natura 2000-gebieden te voorkomen, voor zover die verslechtering of verstoring significante gevolgen kan hebben voor de habitattypen en soorten waarvoor het gebied is aangewezen. 

De vraag wanneer deze verplichting aanleiding geeft om een bestaande natuurvergunning te wijzigen of in te trekken, heeft de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (de Afdeling) nader uitgewerkt in de zogenoemde Logtsebaan-uitspraak. [3] In die uitspraak heeft de Afdeling het beoordelingskader geformuleerd voor de toepassing van deze intrekkings- en wijzigingsbevoegdheid.

Logtsebaan-uitspraak
Uit de Logtsebaan-uitspraak volgt het beoordelingskader voor het verplicht wijzigen of intrekken van een natuurvergunning op basis van artikel 5.4, tweede lid, Wnb.

Artikel 5.4, tweede lid, Wnb bevat een zelfstandige grond voor wijziging of intrekking van een natuurvergunning. Deze grond is aanwezig wanneer sprake is van (i) een (dreigende) verslechtering of verstoring met significante gevolgen voor een habitattype of soort waarvoor een Natura-2000 gebied is aangewezen én (ii) de vergunde activiteit effecten heeft op die natuurwaarden.[4] Artikel 5.4, tweede lid, Wnb geeft daarmee uitvoering aan artikel 6, tweede lid, Hrl. 

Doet zich een situatie voor waarin wordt voldaan aan deze twee voorwaarden, dan moeten passende maatregelen worden getroffen om de verslechtering of verstoring te voorkomen. [5] Het bevoegd gezag beschikt daarbij over beoordelingsruimte. Die beoordelingsruimte ziet uitsluitend op de keuze van de soort passende maatregelen en niet op de vraag óf passende maatregelen moeten worden getroffen.[6]

Het bevoegd gezag kan er dan voor kiezen een natuurvergunning te wijzigen of in te trekken. Dit is echter geen directe verplichting; het bevoegd gezag kan ook volstaan met andere passende maatregelen. Het bevoegd gezag moet dan wel duidelijk maken waarom het wijzigen of intrekken van de vergunning in dat geval niet nodig is. Het bevoegd gezag kan dit doen door uit te leggen welke andere maatregelen zijn (of zullen worden) getroffen, binnen welk tijdpad deze worden uitgevoerd en wanneer daarvan effect wordt verwacht.[7] 

Wanneer de wijziging of intrekking van de natuurvergunning de enige passende maatregel is om de dreigende verslechtering of significante verstoring te voorkomen, dan ontstaat een gebonden verplichting om de vergunning te wijzigen of in te trekken.[8]

Daaruit volgt tegelijkertijd dat het bevoegd gezag ook bevoegd blijft een natuurvergunning te wijzigen of in te trekken wanneer andere passende maatregelen denkbaar zijn. De keuze voor wijziging of intrekking van de vergunning is dan een invulling van de beoordelingsruimte die het bevoegd gezag bij de selectie van passende maatregelen toekomt.[9]

Verdere uitwerking motiveringseis
De Afdeling heeft de hiervoor beschreven motiveringsplicht bij de toepassing van artikel 5.4, tweede lid, Wnb in recente rechtspraak nader geconcretiseerd.

Uit een uitspraak van 2 juli 2025 volgt dat een verwijzing naar generieke landelijke of provinciale stikstofmaatregelen onvoldoende is om af te zien van wijziging of intrekking van een natuurvergunning. Het bevoegd gezag moet inzichtelijk maken welke afname van stikstofdepositie noodzakelijk is om verslechtering van beschermde natuurwaarden te voorkomen, binnen welke termijn die afname moet worden gerealiseerd en waarom de aangevoerde maatregelen die afname daadwerkelijk kunnen bewerkstelligen.[10] 

Daarbij is een gebiedsspecifieke beoordeling vereist. Het bevoegd gezag moet de kenmerken van het betrokken Natura 2000-gebied, de staat van de relevante natuurwaarden en de gevolgen van de vergunde activiteit voor die natuurwaarden betrekken bij de beoordeling.[11]

Opvallend in deze uitspraak is dat de Afdeling niet uitgaat van het Natura 2000-gebied als geheel, maar specifiek kijkt naar het gedeelte van het gebied waarop de vergunde activiteit daadwerkelijk effecten heeft. Uit een geactualiseerde projectberekening bleek dat de stikstofdepositie van een geitenhouderij uitsluitend neerkwam op het westelijk deel van het natuurgebied. Het college heeft vervolgens specifiek voor dit deel van het natuurgebied onderzocht welke habitattypen en leefgebieden werden geraakt en of daar sprake was van een dreigende verslechtering. Daarbij speelde mee dat volgens de beschikbare ecologische gegevens stikstof in dit deelgebied niet langer een relevante drukfactor van betekenis was. De Afdeling achtte deze gebiedsspecifieke benadering aanvaardbaar en oordeelde dat het bevoegd gezag zijn beoordeling terecht had toegespitst op het gedeelte van het Natura 2000-gebied waarop de vergunde activiteit daadwerkelijk effect had.[12]

De Afdeling heeft daarnaast verduidelijkt welke maatregelen bij deze beoordeling mogen worden betrokken. Maatregelen die niet zijn gericht op het verminderen van stikstofdepositie, zoals bijvoorbeeld hydrologische herstelmaatregelen (ingrepen die de waterhuishouding terugbrengen naar een natuurlijke staat, bijvoorbeeld sloten dempen of het grondwater ophogen), kunnen niet zelfstandig dienen als onderbouwing om af te zien van wijziging of intrekking van een natuurvergunning.[13]

Intrekking natuurvergunningen van veehouderijen in Noord-Brabant
Laten we teruggaan naar de recente ontwikkelingen in de provincie Noord-Brabant en hoe zij illustreren hoe artikel 5.4, tweede lid, Wnb in de praktijk kan leiden tot een verplichting om een natuurvergunning in te trekken.

Aanleiding voor de voorgenomen intrekking van de natuurvergunningen is een uitspraak van de rechtbank Oost-Brabant van 16 april 2025. In die zaak hadden milieuorganisaties de provincie verzocht om de natuurvergunningen van verschillende veehouderijen in te trekken.[14] De provincie had deze verzoeken aanvankelijk afgewezen omdat volgens haar andere stikstof reducerende maatregelen voldoende toereikend waren. De rechtbank oordeelde echter dat die motivering onvoldoende was.

Volgens de rechtbank was in de betrokken Natura 2000-gebieden sprake van verslechtering dan wel dreigende verslechtering van beschermde natuurwaarden. Onder die omstandigheden moest de provincie inzichtelijk maken met welke andere passende maatregelen een noodzakelijke daling van de stikstofdepositie binnen afzienbare termijn zou worden bereikt. De rechtbank oordeelde dat de provincie daarin niet was geslaagd. Daarbij achtte zij van belang dat de LBV- en LBV-plusregelingen (vrijwillige, landelijke beëindigingsregelingen voor veehouderijen gericht op het verminderen van stikstofemissies) voor de betrokken Natura 2000-gebieden onvoldoende effect hadden om de vereiste daling tijdig te realiseren. De rechtbank kwam daarom tot het oordeel dat intrekking of wijziging van de betrokken natuurvergunningen nadrukkelijk in beeld kwam als passende maatregel.[15]

De uitspraak sluit daarmee nauw aan bij het hiervoor besproken beoordelingskader. Indien sprake is van (dreigende) verslechtering van Natura 2000-waarden en de provincie niet inzichtelijk kan maken dat andere passende maatregelen tijdig het vereiste resultaat zullen bereiken, kan artikel 5.4, tweede lid, Wnb ertoe leiden dat wijziging of intrekking van een natuurvergunning noodzakelijk wordt. Omdat het bevoegd gezag onvoldoende kan onderbouwen waarom met andere maatregelen kan worden volstaan, verdwijnt langzaam de ruimte om af te zien van intrekking.

De aangekondigde intrekking van de natuurvergunningen door de provincie Noord-Brabant moet tegen deze achtergrond te moeten worden gelezen. De rechtbank Oost-Brabant heeft immers geoordeeld dat de provincie onvoldoende had gemotiveerd dat met andere passende maatregelen kon worden volstaan. Indien ook bij het nieuw te nemen besluit niet inzichtelijk kan worden gemaakt dat andere passende maatregelen tijdig het vereiste resultaat zullen bereiken, kan artikel 5.4, tweede lid, Wnb ertoe leiden dat de betrokken natuurvergunningen worden gewijzigd of ingetrokken.

Conclusie
De rechtspraak maakt duidelijk dat een natuurvergunning niet zonder meer onaantastbaar is. Wanneer sprake is van een (dreigende) verslechtering van Natura 2000-waarden en een vergunde activiteit daaraan bijdraagt, moet het bevoegd gezag passende maatregelen treffen. Daarbij bestaat beoordelingsruimte om te kiezen welke maatregelen worden ingezet, maar die ruimte is niet onbeperkt.

Uit de Logtsebaan-uitspraak en de daaropvolgende jurisprudentie volgt dat het bevoegd gezag deugdelijk moet onderbouwen waarom met andere passende maatregelen kan worden volstaan. Dat vereist een concrete, gebiedsspecifieke beoordeling van de betrokken natuurwaarden, de benodigde afname van stikstofdepositie en de effectiviteit van de voorgenomen maatregelen. Een verwijzing naar algemene beleidsmaatregelen is daarvoor onvoldoende.

De recente ontwikkelingen in Noord-Brabant laten zien dat deze motiveringseisen in de praktijk verstrekkende gevolgen kunnen hebben. Als niet overtuigend kan worden aangetoond dat andere passende maatregelen tijdig het vereiste resultaat zullen bereiken, kan wijziging of intrekking van een natuurvergunning alsnog noodzakelijk blijken. Voor zowel vergunninghouders als bestuursorganen blijft het daarom van belang de ontwikkelingen in de rechtspraak nauwlettend te volgen.