Inleiding 
Leefgebieden van dieren en planten staan steeds vaker onder druk door menselijke activiteiten en externe invloeden. Het behoud van plant- en diersoorten is dan ook een belangrijk aandachtspunt binnen de huidige wetgeving. De Omgevingswet biedt verschillende juridische instrumenten om flora en fauna effectief te beschermen. Deze regels en maatregelen dragen bij aan het bevorderen van biodiversiteit – een thema dat zowel ecologisch als juridisch steeds urgenter wordt. De recente discussies rond de bescherming en het eventueel afschieten van de wolf in Nederland[1] of de aanwezigheid van beschermde soorten binnen of in de nabijheid van beoogde woningbouwlocaties[2] illustreren hoe actueel en complex soortenbescherming is, waarbij ecologische belangen, veiligheid, maatschappelijke opgaves en juridische kaders samenkomen.

Maar hoe werkt het soortenbeschermingsrecht precies? Wanneer is een vergunning verplicht? En hoe kun je voorkomen dat een vergunning nodig is voor een woningbouwproject? Moet je altijd bang zijn om de nieuwe zorgplicht te overtreden? En hoe werkt het soortenbeschermingsrecht door in ruimtelijke besluiten, zoals een omgevingsplan of een omgevingsvergunning voor een buitenplanse omgevingsplanactiviteit (BOPA)? In deze serie beantwoorden we deze vragen (en meer!) en zetten we kort de basics van het soortenbeschermingsrecht in het kader van ruimtelijke ontwikkelingen (dus bijvoorbeeld die woningbouwlocaties) op een rij. In dit eerste deel: de omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit mét handig stappenplan. 

Vergunningplicht 
Als beschermde soorten aanwezig zijn op een locatie waar activiteiten plaatsvinden, kan sprake zijn van een flora- en fauna-activiteit. Een flora- en fauna-activiteit wordt in de Omgevingswet gedefinieerd als een activiteit met mogelijke gevolgen voor van nature in het wild levende dieren of planten.[3] Door de brede formulering van flora- en fauna-activiteit is het bij nagenoeg alle activiteiten in de leefomgeving nodig om te controleren of er soorten aanwezig zijn, en welke soorten dat zijn. Het is zelden van tevoren uit te sluiten dat een activiteit onder deze definitie valt. Artikel 5.1, lid 2, onder g, van de Omgevingswet bepaalt vervolgens dat het verboden is zonder omgevingsvergunning een flora- en fauna-activiteit te verrichten voor zover dit is aangewezen in het Besluit activiteiten leefomgeving (“Bal”).

In het Bal zijn verbodsbepalingen opgenomen, waarin bepaalde activiteiten in de leefomgeving worden aangewezen als vergunningplichtig. Deze verbodsbepalingen worden overtreden als sprake is van het opzettelijk[4] vangen, doden of verstoren van beschermde soorten of mogelijk beschadigen of vernielen van nesten of rustplaatsen.[5] Deze handelingen worden ‘schadelijke handelingen’ genoemd. Er wordt hierbij een onderscheid gemaakt tussen vogels[6] (denk bijvoorbeeld aan de spreeuw of de meeuw), strikt beschermde soorten[7] (denk bijvoorbeeld aan vleermuizen of tot voor kort de wolf) en overige soorten die vrij algemeen voorkomen[8] (denk bijvoorbeeld aan de das en veldmuis).

Dit betekent dat een omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit nodig is als: 

1. sprake is van de aanwezigheid van een beschermde soort (of de vaste rust- en verblijfplaats); en 
2. een handeling in strijd is met een verbodsbepaling (het verrichten van een schadelijke handeling).

De vraag of (1) een beschermde soort ter plaatse aanwezig is, of (2) de aanwezigheid van een beschermde soort kan worden uitgesloten en of (3) de activiteit negatieve effecten zal hebben op die beschermde soort, wordt over het algemeen beantwoord aan de hand van een quickscan (ook wel: een verkennend ecologisch onderzoek). Zo’n quickscan bestaat over het algemeen uit een literatuuronderzoek en een of meerdere veldbezoeken door een ecoloog. Het is overigens niet verplicht om altijd een quickscan uit te laten voeren; uit rechtspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (“Afdeling") volgt dat als er geen concrete aanwijzingen zijn dat ter plaatse beschermde soorten aanwezig zijn, het bevoegd gezag niet kan verlangen dat een quickscan wordt opgesteld.[9] 

Als in de quickscan niet kan worden uitgesloten dat beschermde soorten aanwezig zijn en ook niet kan worden uitgesloten dat de activiteiten niet schadelijk zijn, dan is een natuurwaardenonderzoek (ook wel: een nader ecologisch onderzoek) nodig. Het natuurwaardenonderzoek is gericht op de ecologische functie van het gebied en de directe omgeving voor de in de buurt aanwezige dier- en/of plantensoort. Het natuurwaardenonderzoek borduurt voort op de resultaten uit de quickscan, maar kan ook direct uitgevoerd worden zonder eerst een quickscan uit te voeren. Er moet dan vooraf wel duidelijk zijn naar welke dieren- en/of plantensoorten het natuurwaardenonderzoek nodig is.

Mitigerende maatregelen
Een manier om te voorkomen dat een verbodsbepaling wordt overtreden, is het nemen van mitigerende maatregelen. Met “mitigerende maatregelen” worden preventieve maatregelen bedoelt. Dit zijn maatregelen waarmee de effecten van een activiteit worden voorkomen of beperkt. Hierbij kan gedacht worden aan het uitvoeren van bouwwerkzaamheden buiten de broedperiode van vogels[10] of juist het treffen van maatregelen om de dieren uit het projectgebied te lokken zoals het plaatsen vleermuiskasten[11]. Let op! Alleen als de nadelige effecten van een activiteit geheel kunnen worden voorkomen, geldt op grond van de Omgevingswet geen vergunningplicht. De mitigerende maatregelen moeten dus wel volledig zijn. 

Uitzonderingen
Het verbod om een in het Bal aangewezen flora- en fauna-activiteit zonder omgevingsvergunning te verrichten geldt niet altijd. Onder de Omgevingswet gelden een aantal uitzonderingen op de vergunningplicht, namelijk: [12] 

• Als de activiteit op grond van een andere wet is toegestaan, is een vergunning niet nodig. Maar hier zijn wel voorwaarden aan verbonden: de toestemming op grond van die andere wet moet inhoudelijk wel voldoen aan de beoordelingsregels die zouden gelden bij vergunningverlening voor de flora- en fauna-activiteit. 
• Dit geldt ook als de activiteit of handeling nodig is voor het uitvoeren van een instandhoudingsmaatregel of passende maatregel
• Ook als sprake is van een vergunningsvrij geval is een omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit niet vereist.